Κυριαρχούν οι ήπιοι λόφοι με τους αμπελώνες και ένα πλήθος από κοιλάδες και μικρά φαράγγια.
Το κλίμα της Κρήτης γενικά έχει συμβάλλει στη διαμόρφωση μιας πολύ πλούσιας χλωρίδας, με διαφορετικά οικοσυστήματα, που συνθέτουν ένα σύνολο σπάνιας πολυμορφίας. Καμιά ίσως άλλη περιοχή της γης με την έκταση της Κρήτης, δεν περιέχει τόσα είδη φυτών. Στο νησί υπάρχουν 1624 αυτόχθονα αυτοφυή είδη από τα οποία τα 170 είναι ενδημικά της Κρήτης. Τα ενδημικά φυτά είναι ανομοιόμορφα κατανεμημένα και ως επί το πλείστο απαντώνται σε ψηλά βουνά, φαράγγια και απομονωμένες περιοχές. Ορισμένα από αυτά είναι πολύ σπάνια ή βρίσκονται σε κίνδυνο.
Η φύση του νομού Ηρακλείου ειδικά, χαρακτηρίζεται για τους άφθονους ελαιώνες και αμπελώνες, τη χαμηλή βλάστηση με επικράτηση φρυγάνων και αρωματικών γενικά φυτών, την ποικιλία ειδών και χρωμάτων από τα ενδημικά φυτά της.
Ανάλογη σε ποικιλία και ενδιαφέρον είναι και η πανίδα του νησιού. Λόγω της γεωγραφικής του θέσης και της παλαιογεωγραφικής και γεωλογικής του ιστορίας, συγκεντρώνει πανίδα που αποτελείται από στοιχεία με ετερόκλιτη προέλευση.
Η πλειοψηφία τους βρίσκεται στους ορεινούς όγκους, σε φαράγγια και σε σπηλιές (μοναδικά οικοσυστήματα για καταφύγιο, τροφοληψία και ξεκούραση). Οι βασικότερες κατηγορίες που υπάρχουν στην περιοχή είναι μικρά θηλαστικά, τρωκτικά, αμφίβια, ερπετά, ασπόνδυλα και σπονδυλόζωα, ενώ τα πιο γνωστά ζώα της είναι νυφίτσες, ζουρίδες, σκαντζόχοιροι, ασβοί κ.α
Μεγάλο ενδιαφέρον έχουν οι πληθυσμοί από πουλιά όπως τα αρπακτικά, τα οποία συναντιόνται στο οικολογικό πάρκο του Γιούχτα, όπου υπάρχει μια από τις μεγαλύτερες αποικίες αρπακτικών του ευρωπαϊκού χώρου.
Σπήλαια
Λόγω της ασβεστολιθικής σύστασης των πετρωμάτων, στις ορεινές περιοχές έχουμε σημαντική παρουσία σπηλαίων, τα περισσότερα από τα οποία έχουν χρησιμοποιηθεί στην αρχαιότητα σαν λατρευτικοί χώροι δεδομένης της σχέσης της Μινωικής θρησκείας με τις Χθόνιες Θεότητες.
Διασχίζοντας τις ορεινές περιοχές της Δίκτης αλλά και του Ψηλορείτη κύρια στην οροσειρά της Χαλαζοκεφάλας, διαπιστώνει κανείς ότι παντού έχει αποτυπωθεί η επίδραση των φυσικών φαινόμενων που δημιουργούν τα καρστικά φαινόμενα στο διαπερατό γκρίζο πέτρωμα. Κατά τόπους το καρστ είναι εξαιρετικά εντυπωσιακό και έχει διαμορφώσει εκατοντάδες ασβεστολιθικά έγκυλα σαν να δημιουργήθηκαν από βροχή μετεωριτών.
Καμαραϊκό σπήλαιο
Τοποθεσία
Δήμος: Δ. Τυμπακίου
Νομαρχία: Ηρακλείου
Ένα από τα σημαντικότερα λατρευτικά σπήλαια της Κρήτης, βρίσκεται σε απόσταση 3-4 ωρών δύσκολης ανοδικής πορείας βόρεια από το χωριό Καμάρες, σε υψόμετρο 1530.
Ακριβώς πάνω από το σπήλαιο βρίσκεται η Μαύρη Κορφή, η μία από τις δύο κορφές που σχηματίζουν τη μυθική Σέλα του Διγενή. Έχει μήκος περίπου 40μ. και μεγάλη κατηφορική κλίση και καταλήγει σε μικρό θάλαμο, στολισμένο από σταλακτίτες και σταλαγμίτες.
Λαβύρινθος
Τοποθεσία
Δήμος: Δ. Μοιρών
Νομαρχία: Ηρακλείου
Από τα σημαντικότερα σπήλαια του νομού Ηρακλείου είναι ο Λαβύρινθος και ο μικρός Λαβύρινθος. Πρόκειται για δύο τεχνητά σπήλαια, μνημεία σημαντικά για όλη την Κρήτη. Υπήρξαν λατομεία της αρχαίας Γόρτυνας και βρίσκονται στη νότια και βόρεια πλευρά του ομαλού λόφου νότια από το χωριό Μορόνι.
Το σπήλαιο του Λαβύρινθου με την είσοδο του στη νότια πλευρά του λόφου αποτελείται από ένα σύνολο τεχνητών στοών οι οποίες δημιουργούν ένα πολύπλοκο δίκτυο διαδρομών συνολικού μήκους 2.500 μέτρων κατά μήκος των στοών και υπάρχει μεγάλος αριθμός λαξευτών θαλάμων με τοίχους και κολώνες τεράστιων διαστάσεων. Σε πολλές αίθουσες διακρίνονται ίχνη και αναφορές παρουσίας περιηγητών και επισκεπτών από τον 15ο αιώνα μ.Χ..
Σπήλαιο Αγίας Παρασκευής (Σκοτεινό)
Τοποθεσία
Δήμος: Δ. Γουβών
Νομαρχία: Ηρακλείου
Βορειοδυτικά του χωριού Σκοτεινό συναντάμε το σπήλαιο της Αγίας Παρασκευής.
Μετά την είσοδο υπάρχει μια μεγάλη αίθουσα ο «Μέγας Ναός» (με μήκος 130μ. πλάτος 33μ. και ύψος 30μ.) όπου απαντώνται εντυπωσιακά συμπλέγματα σταλαγμιτών και σταλακτιτών. Η επόμενη αίθουσα, ο «Βωμός» είναι μικρότερη σε διαστάσεις (24×8,5×25) και υπάρχουν ενδείξεις ότι γίνονταν θυσίες.
Στο άκρο αριστερά της πρώτης αίθουσας, κάθοδος οδηγεί στο «Άδυτον», θάλαμο διαστάσεων 15x8x3μ. Από αυτόν ανηφορικός διάδρομος οδηγεί από άλλη έξοδο στην πρώτη αίθουσα.
Μεταξύ Βωμού και Αδύτου διάδρομος 12μ. καταλήγει στην «Αίθουσα Λατρείας» (12x12x14) που μοιάζει με θόλο και έχει θεαματικό φυσικό διάκοσμο. Ανοδος 4μ. οδηγεί στην «Αίθουσα Προσευχής» και τέλος ανοίγεται μικρός στενός θάλαμος (οι ντόπιοι το ονομάζουν «Εκκλησάκι»). Το μήκος του σπηλαίου σε κάτοψη είναι 170μ. με συνολική έκταση περίπου 2.500τμ. και τουριστική διαδρομή 450μ. Συστηματικές ανασκαφές δεν έχουν γίνει στο σπήλαιο, αλλά από έρευνες προκύπτει ότι χρησιμοποιήθηκε ως τόπος λατρείας κατά τη Μινωική περίοδο. Πολλοί από τους σταλαγμίτες του σπηλαίου φέρουν ίχνη επεξεργασίας και πιθανολογείται ότι υπήρξαν αντικείμενα λατρείας.
Σπήλαιο Ειλειθυίας
Τοποθεσία
Δήμος: Δ. Γουβών
Νομαρχία: Ηρακλείου
Το σπήλαιο βρίσκεται στην περιοχή νότια της Αμνισού και ήταν αφιερωμένο στην κόρη του Δία και της Ήρας και μητέρα του Θεού Έρωτα, την Ειλείθυια.
Ανακαλύφθηκε τον περασμένο αιώνα και είναι γνωστό και ως Νεραϊδόσπηλιος. Το εσωτερικό είναι μακρόστενο (μήκος 60μ. και πλάτος 9-12μ.), ενώ τα αρχαιολογικά ευρήματα μαρτυρούν τη συστηματική χρήση του χώρου ως ιερού από τη Νεολιθική μέχρι και τη Ρωμαϊκή περίοδο.
Στο κέντρο του σπηλαίου υπάρχει ορθογώνιος βωμός ή σηκός, γύρω από δύο κυλινδρικούς σταλαγμίτες με ανθρώπινες μορφές. Το σπήλαιο αναφέρεται και στον Όμηρο ως σταθμός στο ταξίδι του Οδυσσέα. Κατά τη διάρκεια των ανασκαφών εντοπίστηκαν ίχνη λατρείας της Παλαιοχριστιανικής περιόδου.
Φαράγγια
Η γεωλογική δομή Των ορεινών όγκων του νομού Ηρακλείου, ευνόησε σημαντικά τη δημιουργία μεγάλου αριθμού φαραγγιών που με τη σειρά τους συμβάλουν στη διαμόρφωση ενός τόσο πλούσιου γεωμορφολογικά τοπίου. Στην ενδοχώρα του Ηρακλείου ο συνδυασμός αυτού του πλούσιου γεωμορφολογικά τοπίου με τις ιδανικές κλιματολογικές συνθήκες που επικρατούν στο νησί, συνέβαλλαν να δημιουργηθεί ένα εκπληκτικής ομορφιάς φυσικό περιβάλλον που βρίσκει την κορύφωση του στις πλαγιές των φαραγγιών της περιοχής.
Φαράγγι Αγίου Αντωνίου
Δήμος: Δ. Γοργολαϊνη
Νομαρχία: Ηρακλείου
Είναι περιοχή ιδιαίτερης φυσικής ομορφιάς και ξεκινά από το χωριό Άνω Ασίτες. Κατά μήκος του περνά το Ευρωπαϊκό Ορειβατικό Μονοπάτι Ε4. Υπάρχουν σπάνια είδη χλωρίδας και πανίδας, τα οποία προστατεύονται από την Ευρωπαϊκή Νομοθεσία.
Στην είσοδό του θα συναντήσετε το ομώνυμο εκκλησάκι.
Φαράγγι Αγίου Νικολάου Ζαρού
Δήμος: Δ. Ζαρού
Νομαρχία: Ηρακλείου
Πρόκειται για το πλέον εντυπωσιακό σε βλάστηση και σε γεωμορφολογικούς του σχηματισμούς φαράγγι της Κεντρικής Κρήτης.
Διασχίζει με κατεύθυνση Βορρά-Νότου το επιβλητικό Νότιο ορεινό συγκρότημα του Ψηλορείτη και ενώνει το δάσος του Ρούβα στα βόρεια με την κοιλάδα του Κουτσουλίδη ποταμού στα νότια, στην περιοχή του Ζαρού, ενός από τα πιο όμορφα κεφαλοχώρια της Κρήτης, γνωστό για τά πηγαία του νερά από την αρχαιότητα.
Στη βόρεια είσοδο του φαραγγιού βρίσκεται το εξωκλήσι του Αγίου Γιάννη όπου η δασική υπηρεσία έχει διαμορφώσει χώρο δασικής αναψυχής.
Το συνολικό μήκος του φαραγγιού από το ξωκλήσι του Αη Γιάννη μέχρι το μοναστήρι του Αγίου Νικολάου από όπου πήρε και το όνομά του είναι 4 km και η διάσχισή του διαρκεί περίπου 1,5 ώρα.
Φαράγγι Αστρακιανό
Δήμος: Δ. Νίκου Καζαντζάκη
Νομαρχία: Ηρακλείου
Είναι το μεγαλύτερο της περιοχής με συνολικό μήκος 12,5χλμ. περίπου. Ξεκινά βορειοδυτικά από τη θέση Κολομόδι και διατρέχει την περιοχή Αστρακών (Δήμου Ν.Καζαντζάκη), τις πηγές Μηλιαρά και τα όρια της περιφέρειας Καρτερού, σε μια διαδρομή πλούσια σε φυσικά, μορφολογικά και πολιτιστικά χαρακτηριστικά.
Φαράγγι Αστριτσίου
Δήμος: Δ. Θραψανού
Νομαρχία: Ηρακλείου
Οι γεμάτες πλατάνια όχθες του φαραγγιού έχουν συνολικό μήκος περί τα 8χλμ. Στη θέση Ρεματιές υπάρχουν εκκλησίες με ιστορική σημασία και ένα σπήλαιο, ο Νεραϊδόσπηλιος. Καθ΄όλη τη διαδρομή συναντώνται πηγές μόνιμης ροής.