Το Πανεπιστήμιο Κρήτης από το 1985 κάνει συστηματικές ανασκαφές κάθε καλοκαίρι και τα ευρήματα μέχρι τώρα είναι πάρα πολλά και εντυπωσιακά.
Κατοικήθηκε αδιάλειπτα από τη 2 η χιλιετία π.Χ. μέχρι τα ύστερα Ρωμαϊκά, τα πρωτοβυζαντινά και τα βυζαντινά χρόνια (13 ος αιώνας μ.Χ.). Πλεονεκτήματα του τόπου ήταν η οχυρή θέση, το καλό κλίμα και γενικά η ύπαρξη όλων των προϋποθέσεων για κατοίκηση (πηγές νερού, καλλιεργήσιμες εκτάσεις, εκτάσεις για βοσκή και υλοτομία, ασβεστολιθική πέτρα για χτίσιμο).
Οι ανασκαφές στην περιοχή της Ελεύθερνας ξεκίνησαν το 1985, όταν ο τομέας Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης του Πανεπιστημίου Κρήτης αποφάσισε να ερευνήσει και να φέρει στο φως τη γνωστή από τις φιλολογικές μαρτυρίες αρχαία πόλη.
Μικρής έκτασης έρευνα είχε πραγματοποιηθεί στην περιοχή και το 1929 από την Βρετανική Αρχαιολογική Σχολή υπό τη διεύθυνση του H. Payne. Τα κατάλοιπα έχουν αποκαλυφθεί στην ευρύτερη περιοχή των δύο σύγχρονων γειτονικών χωριών Ελεύθερνα και Αρχαία Ελεύθερνα που βρίσκονται στους βόρειους πρόποδες του Ψηλορείτη και σε απόσταση 24 και 29 χιλιομέτρων αντίστοιχα από την πόλη του Ρεθύμνου.

Με απόσταση 10 χιλιομέτρων νότια της πόλης του Ρεθύμνου, δίπλα στο ομώνυμο χωριό και μέσα σ ένα θαυμάσιο δάσος από βελανιδιές, έχει αποκαλυφθεί το περίφημο νεκροταφείο των Αρμένων που χρονολογείται στην Υστερομινωική περίοδο (13ος / 12ος αι. π.Χ.). Η συστηματική ανασκαφική έρευνα που ξεκίνησε το 1969 έχει αποκαλύψει άνω των 220 τάφων και συνεχίζεται με στόχο την αποκάλυψη και της σχετικής πόλης.

Στο χωριό Μοναστηράκι που βρίσκεται στην κοιλάδα του Αμαρίου και σε απόσταση 38 χιλιομέτρων από το Ρέθυμνο, έχει αποκαλυφθεί κτιριακό συγκρότημα που θα πρέπει να οικοδομήθηκε γύρω στο 2000 π.Χ και να καταστράφηκε από βίαια καταστροφή, σεισμό ή πυρκαϊά γύρω στο 1700 π.Χ..

Στο σημερινό χωρίο Αργυρούπολη διενεργούνται τα τελευταία χρόνια σωστικές ανασκαφές από την ΚΕ Εφορεία Κλασικών και Προϊστορικών αρχαιοτήτων. Σε διάσπαρτα σημεία έχουν αποκαλυφθεί τμήματα της αρχαίας Λάππας τα οποία χρονολογούνται από τη Γεωμετρική έως και τη Ρωμαϊκή εποχή.

Στο σημερινό χωριό Θρόνος, σε απόσταση 33 χιλιομέτρων ΝΑ του Ρεθύμνου, στη θέση Κεφάλα, η αρχαιολογική έρευνα έχει αποκαλύψει υπολείμματα της αρχαίας πόλης Σιβρύτου.

Στην περιοχή του σημερινού χωριού Αξός, βρίσκονταν η αρχαία πόλη Όαξος, μια από τις σημαντικότερες πόλεις της αρχαίας Κρήτης που ήκμασε από την υστερομινωική και γεωμετρική έως τη ρωμαϊκή και τα υστερότερα χρόνια.

Κοντά στο σημερινό χωριό Αποδούλου που βρίσκεται σε απόσταση 54 χιλ. από το Ρέθυμνο, στη θέση Τούρνες έχουν αποκαλυφθεί τα κατάλοιπα παλαιανακτορικού κέντρου. Τις πρώτες έρευνες πραγματοποίησε ο αρχαιολόγος Σπ. Μαρινάτος το 1934.

Στο οροπέδιο της Νίδας, σε υψόμετρο 1538 μ. βρίσκεται η «Σπηλιάρα της Βοσκοπούλας», το σπήλαιο όπου κατά τη μυθολογία μεγάλωσε, ή και γεννήθηκε, ο πατέρας των Θεών, ο Δίας.

Στις βορειοδυτικές υπώρειες του Ψηλορείτη, σε υψόμετρο σχεδόν 500 μέτρων και σε απόσταση περίπου 23 χιλιομέτρων από την πόλη του Ρεθύμνου, βρίσκεται η Ιερά Μονή Αρκαδίου. Για να φθάσει κανείς ως εκεί μπορεί ν΄ ακολουθήσει διάφορες διαδρομές, καθεμιά από τις οποίες παρουσιάζει ξεχωριστό φυσιολατρικό και ιστορικό ενδιαφέρον.
Σύμφωνα με την παράδοση την Ι.Μ. Αρκαδίου θεμελίωσε ο Αυτοκράτορας του Βυζαντίου Ηράκλειος ενώ η ανοικοδόμησή της έγινε από τον αυτοκράτορα Αρκάδιο τον 5ο αι. μ.Χ. από τον οποίο πήρε και τον όνομά του το μοναστήρι. Η επιστημονική ωστόσο άποψη υποστηρίζει ότι τόσο ή ίδρυση όσο και η ονοματοθεσία του μοναστηριού θα πρέπει να οφείλονται σε κάποιον μοναχό Αρκάδιο.

Βρίσκεται κοντά στον ομώνυμο οικισμό, σε απόσταση λίγων χιλιομέτρων νότια της πόλης του Ρεθύμνου, στο δρόμο προς Ρουσσοσπίτι. Πρόκειται για πολύ παλαιό μοναστήρι, που θα πρέπει να υπήρχε από τον 14ο αι. Ωστόσο κάποια στιγμή καταστράφηκε και στη συνέχεια εγκαταλείφθηκε ολοσχερώς και ερημώθηκε. Η αναστήλωσή του ξεκίνησε το 1989 και από τότε οι μοναχές με την έντονη δραστηριότητά τους του έχουν ξαναδώσει ζωή.

Στα ΝΔ του χωριού Πάνορμο που βρίσκεται σε απόσταση 30 χιλ. ανατολικά του Ρεθύμνου ανεσκάφη το 1948 η μεγαλύτερη παλαιοχριστιανική εκκλησία της Κρήτης. Πρόκειται για μια ξυλόστεγη βασιλική του 5ου μ.Χ αιώνα που ήταν αφιερωμένη στην Αγία Σοφία.

Στη θέση Ονυθέ, στα ΝΑ του χωριού Γουλεδιανά που βρίσκεται σε απόσταση 18 χιλ. από το Ρέθυμνο, έχει αποκαλυφθεί τρίκλιτη παλαιοχριστιανική βασιλική με πλούσιο ψηφιδωτό διάκοσμο. Χρονολογείται στον 6ο ή 7ο μ.Χ. αιώνα.

Βρίσκεται στον αρχαιολογικό χώρο της Αρχαίας Ελεύθερνας, στη θέση Κατσίβελος. Πρόκειται για τρίκλιτη βασιλική με πλούσιο ψηφιδωτό διάκοσμο που χρονολογείται στον 6ο ή 7ο μ.Χ. αιώνα.

Έξω από το χωριό Γερακάρι που απέχει 41χιλ. από το Ρέθυμνο, βρίσκεται ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου που χρονολογείται στον 13ο μ.Χ. αιώνα. Πρόκειται για μονόχωρη εκκλησία με κεραμοσκεπή, με μεταγενέστερο νάρθηκα μετά τρούλου. Ο τοιχογραφικός διάκοσμος της εκκλησίας παρουσιάζει εξαιρετικό ενδιαφέρον.

Στο χωριό Άγιος Δημήτριος, σε απόσταση 10 χιλ ανατολικά του Ρεθύμνου, στο δρόμο Ρέθυμνο -Αρκάδι, βρίσκεται η σταυροειδής , εγγεγραμμένη με τρούλο εκκλησία του Αγίου Δημητρίου που χρονολογείται στον 11ο μ.Χ. αιώνα.

Στο χωριό Ρούστικα που απέχει 21 χιλ. από το Ρέθυμνο, στη θέση Λιβάδι, υπάρχει δίκλιτος ναός αφιερωμένος στην Παναγία και τον Σωτήρα Χριστό. Ο ναός είναι κατάγραφος με τοιχογραφίες που χρονολογούνται στο 1381. Στο κωδωνοστάσιο υπάρχει η χρονολογία 1627.

Στην ευρύτερη περιοχή του χωριού Νεφς Αμάρι, βρίσκεται η τρίκλιτη βασιλική της Κερά Παναγιάς που χτίστηκε στη θέση παλαιότερης σταυροειδούς με τρούλο εκκλησίας του 13ου μ.Χ. αιώνα. Το νότιο κλίτος με το εντυπωσιακό θύρωμα και τα οικόσημα της οικογένειας των Καλλέργηδων είναι προφανές ότι είναι υστερότερο και χρονολογείται στο 15ο μ.Χ. αιώνα.

Στο χωριό Λαμπηνή, σε απόσταση 27 χιλ. στο δρόμο από το Ρέθυμνο προς το Σπήλι, βρίσκεται η σταυροειδής, εγγεγραμμένη με τρούλο εκκλησία της Παναγίας, με τοιχογραφίες του 12ου και 14ου μ.Χ. αιώνα. Πρόκειται για επισκοπικό ναό μια και η Λαμπηνή ήταν έδρα της περίφημης επισκοπής Λάμπης που υπήρχε ήδη από το 431 μ.Χ.

Η Loggia, ο χώρος δηλαδή όπου γινόταν οι συσκέψεις των ευγενών για να συζητήσουν πολιτικά και οικονομικά θέματα οικονομικά και πολιτικά, ήταν ένα λαμπρό κτήριο στο κέντρο της πόλης. Οικοδομήθηκε τον 16 αιώνα με σχέδια του διάσημου βενετού αρχιτέκτονα Michel Snamicheli. Το κτήριο που διατηρείται σε πάρα πολύ καλή κατάσταση, είναι τετραγωνικής κάτοψης και έχει αψιδωτές τις τρεις πλευρές του (εκτός της δυτικής). Είναι χτισμένο κατά το ισοδομικό σύστημα και εντυπωσιάζουν τα φουρούσια του γείσου. Στην αρχική του μορφή το κτήριο παρέμενε ανοικτό και είχε τετράριχτη στέγη, πράγμα που δε συμβαίνει σήμερα.

Η περίφημη κρήνη Rimondi, που βρίσκεται στη σημερινή πλατεία του Πλατάνου και στο αλλοτινό κέντρο της βενετσιάνικης πόλης, οικοδομήθηκε το 1626 από τον ρέκτορα της πόλης Α. Rimondi. Αποτελείται από τρεις γούρνες στις οποίες τρέχει νερό από τρεις κρουνούς σε σχήμα λεοντοκεφαλής. Πάνω στις γούρνες «πατούν» τρεις ραβδωτοί κιονίσκοι που επιστέφονται από κορινθιακά κιονόκρανα. Πάνω απ΄ αυτά αναπτύσσεται θριγκός στη μεσαία ζώνη του οποίου, ακριβώς πάνω από τους κιονίσκους, αναπτύσσονται τέσσερα φουρούσια σε σχήμα φύλλων άκανθας. Στην ίδια ζώνη διαβάζονται οι λέξεις : LIBERALITATIS και FONTES.

Ήταν η εκκλησία μοναστηριού Φραγκισκανών Μοναχών. Εκτός από το ναό σώζονται και δύο παρεκκλήσια ακριβώς ανατολικά του. Εντυπωσιακό είναι το θύρωμα της εισόδου με κιονόκρανα σύνθετου ρυθμού.

Το τζαμί Νερατζές που σήμερα χρησιμοποιείται ως Ωδείο, ήταν στα χρόνια της βενετοκρατίας η εκκλησία της Παναγίας των Αυγουστινιανών. Οι Τούρκοι το μετέτρεψαν το 1657 σε τζαμί, το τζαμί Γαζή Χουσεϊν ή Νερατζέ, και το 1890 πρόσθεσαν μεγάλο μιναρέ με δύο εξώστες κατασκευασμένο με τις περίφημες πέτρες από το χωριό Αλφά. Το παρεκκλήσι της Παναγίας στα δυτικά της που ήταν αφιερωμένο στο Σώμα του Χριστού μετατράπηκε και αυτό σε ιεροσπουδαστήριο. τα πιο εντυπωσιακά στοιχεία οτυ κτηρίου αυτού είναι το θύρωμα και οι τρεις τρούλοι του.

Στο χωριό Ρουσσοσπίτι που απέχει 10 χιλ. από το Ρέθυμνο, μαζί με πολλά άλλα βενετσιάνικα κτήρια βρίσκεται και περίφημη κρήνη που χρονολογείται στον 17ο αιώνα. Ο Gerola τη χαρακτηρίζει «χαριτωμένη» και δεν έχει άδικο αν την παρατηρήσει κανείς προσεκτικά. Αποτελείται από ημικυκλική κόγχη εκατέρωθεν της οποίας αναπτύσσονται ζεύγη κιονίσκων που υποβαστάζουν το επιστήλιο. Ο κρουνός έχει μορφή λεοντοκεφαλής.